Covert Affairs se enfoca en una joven estudiante de la CIA, Annie Walker (Perabo), que misteriosamente es llamada a las oficinas centrales para trabajar como una operativa de campo. Walker se unió a la CIA mientras todavía se recuperaba de una relación con un misterioso ex-novio que parece ser de interés particular para sus nuevos jefes. Ella promete nunca dejarse herir nuevamente, pero eso parece ser un deseo demasiado complicado. Junto a Perabo, la serie presenta a Christopher Gorham como Auggie Anderson, un agente de inteligencia de la CIA que fue cegado durante una misión y es el guía de Annie dentro de este mundo de burocracia e intriga. La serie presenta un gran reparto secundario que incluye a Peter Gallagher (The OC), Kari Matchett (Leverage) y Anne Dudek (House).
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Transcurre en:
Mientras Annie y Auggie se plantean su futuro, una conexión con alguien de su pasado lleva a Annie a una misión para detener una amenaza terrorista en suelo norteamericano. La tensión aumenta cuando Calder y Joan aver...
Annie debe decidir si colaborar o no con Ryan McQuaid para lograr atrapar a un terrorista huido a Venezuela.
Tras un fracasado intento por huir, Annie y McQuaid unen fuerzas para salir de Venezuela.
Annie comienza una misión de vigilancia que termina de forma poco rutinaria cuando la CIA descubre que uno de sus agentes podría haber filtrado información confidencial.
El pasado romántico de Auggie con una posible informante complica una misión en París en la que él y Annie intercambian sus roles como agente y jefe.
Mientras realiza una misión encubierta Annie debe mantenerse en guardia al aceptar una invitación de la embajada rusa en París. Por su parte, Auggie trata de compaginar varias relaciones.
Annie y McQuaid viajan a Azerbaiyán en busca de un misterioso y autosuficiente ex agente de la CIA.
Una fuente fidedigna incita a Annie y Auggie a indagar más a fondo en una teoría conspirativa que arrojó luz sobre un ataque contra la CIA.
Annie comienza una delicada operación encubierta sin el apoyo de la CIA y Calder interroga a Auggie acerca de una posible infracción de las reglas internas.
Annie ayuda a McQuaid a llevar a cabo una complicada misión en contra de la opinión de Auggie.
La salud de McQuaid pende de un hilo y Annie realiza un viaje de reconocimiento en Estambul.
Annie viaja a Alemania en busca de una química corrupta después de que Auggie descubra una sorprendente conexión entre los recientes atentados en suelo norteamericano.
Una impactante revelación da nuevas alas a Annie, que colabora con una nueva aliada para sacar a la luz las fechorías de Belenko.
A falta de alternativas, Annie y McQuaid deben introducirse en territorio ruso para atrapar a Belenko.
La relación entre Annie y McQuaid se estrecha mientras tratan de localizar al siguiente objetivo de Belenko en Buenos Aires.
Annie y McQuaid intentan escapar de Argentina mientras asesinos del Grupo Vega ruso les pisan los talones. Belenko pone en marcha su plan final.