Shirō Emiya perdió a su familia hace diez años en un enorme incendio que consumió gran parte de la ciudad de Shinto. Atrapado entre las llamas, se da por vencido y acepta su propia muerte, pero un enigmático hombre lo encuentra y lo ayuda. Este hombre, Kiritsugu Emiya, adopta a Shirō, y le revela su identidad como mago. Kiritsugu también le cuenta a Shirō su fallido intento en ser un "Héroe de la Justicia", un guardián de la humanidad que podría salvar cualquier vida. Por petición de Shirō, Kiritsugu intenta enseñarle magia, pero descubre que Shirō no tiene talento ni para la mayoría de hechizos fundamentales, por eso, después de la muerte de Kiritsugu, Shirō se encuentra terriblemente frustrado, sintiéndose incapaz de cumplir los designios de su padre con la justicia.
Basada en la primera de las tres rutas de la novela virtual.
Hace diez años, en la ciudad de Fuyuki, un joven fue atrapado en un infierno masivo que incineró a sus padres y consumió una gran parte de la ciudad; cuando estaba muriendo, un hombre lo salva. Ahora este chico, Shiro...
Rin parece tener problemas con el sirviente que tiene y el hecho de que ella no era lo suficientemente poderosa como para llamar a un sirviente más poderoso. De vuelta en la escuela, Ayako le ha pedido a Shirou que vi...
Shirou todavía está perdida e increíblemente confundida, después de ver a un elegante guerrero con el nombre de Saber aparecer ante él y elegirlo como su Maestro. Shirou ni siquiera tiene la oportunidad de entender la...
Después de la reunión con Kirei Kotomine, Shirou y Rin abandonan la iglesia solo para encontrarse con otro Maestro que se hace llamar Illyasviel von Einzbern. Saber se ve obligado a entrar en combate contra un servido...
Shirou le presenta a Saber a Sakura y al único maestro que dice que es un pariente lejano. La maestra prueba las habilidades de Saber para poder defender a Shirou bastante patéticamente, le permite quedarse en la casa...
Rin le da a Shirou la opción de traicionar a Saber y renunciar como maestro o ella le romperá el brazo y hará que sea imposible ser usado alguna vez. Antes de que Rin pueda hacer algo, oyen un grito y Shirou va a inve...
Saber le gritó a Shirou por no llamarla cuando estaba en peligro. Saber comienza a ir a la escuela con Shirou. Cuando Rin aparece y dice que caminará con Shirou a la escuela, Saber lo permite después de que Rin hable ...
Shinji dice cosas como que no tiene intención de pelear y fue arrastrado a esta guerra. Él pide hacer una alianza con Shirou para ir tras Rin, pero Shirou se niega. Shinji dice que porque él no conoce la magia, otros ...
Saber está ansioso por ir al templo, pero Shirō ha insistido en que no irán porque parece demasiado peligroso. Sin embargo, tan pronto como Shirō se duerma, Saber se dirige sola al templo, no solo para ser confrontada...
Saber y Shirou practican por un tiempo, Saber domina completamente a Shirou y no entrena como algunos pensarían, sino solo un ataque directo entre los dos, donde Shirou sigue siendo golpeada y golpeada contra el suelo...
Después de una sesión de entrenamiento por la mañana con Sabre, Shirou es arrastrada por Rin para un entrenamiento más de la suya. Mientras esto sucede, Shirou recibe una llamada telefónica de Shinji, pidiéndole a Shi...
Shirou está muy preocupada por el bienestar de los estudiantes, el personal y la escuela después de los eventos de ayer; está especialmente preocupado por Taiga, que parece estar recuperándose bien. Shirou ahora está ...
Shirou se duerme y ve un sueño de un flashback del pasado de Saber. Vemos a Saber en paños antiguos que suben a una espada en una piedra. Saber se despierta y se da cuenta de que Shirou ya no está. Habla con Rin y, a ...
Rin, Saber y Archer a las afueras de la mansión de Ilya. Ven que Ilya sale, por lo que pronto se dirigen al interior para rescatar a Shirou.Rin le pide a Archer que reduzca la velocidad de Berserker mientras el resto ...
Archer ha sido derrotado por el inmejorable Beserker y ahora Shirou, Saber y Rin están haciendo todo lo posible para escapar de la misma suerte. Pueden encontrar refugio para esperar algún tiempo, porque Shirou tiene ...
La batalla está en el punto de inflexión, donde Rin está a punto de ser aplastada por Beserker y Saber no puede salvarla. Como último recurso, Saber decide usar su Noble Phantasm para derrotar a Beserker, sin importar...
Shirou se despierta después de tener otro sueño más del pasado de Saber y claramente se conmueve por lo que sucedió. Esa mañana, durante el desayuno, Ilya es presentada por Rin como otra persona que permanecerá allí p...
Shirou, Saber y Rin están en los escalones del templo. Aparece Assassin, él deja que Shirou y Rin pasen y peleen contra Saber. Shirou y Rin pasan por delante de Assassin y, más allá de él, ven a Sakura, vestida con te...
La pelea de Saber con Assassin y la pelea de Shirou con Souichirou alcanza su clímax. Souichirou rompe las espadas de Shirou nuevamente, enviándolo a volar hacia donde están Rin y Sakura y le toca a Saber vencer a Ass...
Shirou saca a Saber en una cita para tratar de convencerla de no usar el Grial y volver a su propio tiempo, sino de quedarse en este momento.
Con la aparición del misterioso Servidor de la clase Archer, Saber le dice a Shirou que escape mientras lo mantiene ocupado. Sin embargo, Shirou, sabiendo que Saber no pudo derrotarlo antes, tontamente intenta atacarl...
Saber parece que no puede olvidar a Shirou, pero es de corta duración cuando se entera por Rin de que Ilya tiene una fiebre terrible y puede que no dure mucho. Mientras tanto, Shirou sigue desaparecido, ya que no ha r...
Después del incidente en la iglesia, Saber y Shirou regresan a casa solo para encontrar a Rin en el piso y gravemente herido. Resulta que Kirei Kotomine la atacó, mientras que Shirou y Saber estaban ocupados y eso no ...
Shirou se encontró atrapada en el mismo lugar donde Kirei Kotomine atrapó al padre de Shirou. Rodeado por la muerte, Shirou debe escapar de este lugar solo con la fuerza de voluntad, si quiere terminar esta Guerra del...