Después de tres batallas inconclusas por conseguir el Santo Grial, un artefacto capaz de conceder un milagro a quien lo posea, una cuarta guerra da comienzo. Precuela del anime "Fate/stay night".
Los heroicos espíritus Saber, Lancer y Rider luchan codo a codo contra la bestia demoníaca de Caster, pero esta se sigue regenerando a un ritmo alarmante.
Saber y Rider vuelven a considerar su estrategia de atacar a Caster, lo que fuerza a Lancer a tomar una decisión difícil. Entre tanto, Kariya lucha contra Tokiomi.
Todos los héroes han quedado exhaustos por la victoria obtenida en la lucha contra Caster, pero entre dos caballeros se libra una batalla con honor y respeto.
Mientras los luchadores quedan fuera de combate, Saber recibe una invitación para formar una alianza e Iri le confiesa un secreto a Maiya.
En una isla de Filipinas, el joven Kiritsugu descubre la espantosa verdad sobre los experimentos de laboratorio de su padre.
El joven Kiritsugu se entrena con la mercenaria Natalia y viajan por el mundo mientras emprenden distintas tareas.
La guerra va llegando a su punto culminante e Iri comienza a debilitarse. Al enterarse de que Saber y Rider se preparan para la batalla, Kiritsugu decide matar a Tokiomi.
Saber y Kiritsugu intentan localizar al secuestrador de Iri mientras se desata una tragedia en la iglesia donde Kariya se propone enfrentar a Tokiomi.
Kirei interroga a Iri sobre Kiritsugu, mientras Waver decide otorgarle su poder a Rider, a quien convocan para que participe de un duelo con Archer.
Mientras los equipos se apresuran por llegar al campo de batalla, Berserker le revela su identidad a Saber. Rider y Waver son interceptados antes de llegar al teatro.
Kiritsugu descubre un aspecto inesperado del grial, que lo obliga a volver a examinar sus motivos. Finalmente, Kiritsugu confronta a Kirei.
Mientras Kiritsugu exige que se destruya el grial, el grial resulta más dañino al eliminarse y, de manera inesperada, vuelve a despertar un rostro familiar.